Ragazzi ho risolto il problema in modo piuttosto "barbaro".
Il problema penso sia che, dato che applico htmlentities ad dati prima di memorizzarli nel datatabase, in alcuni casi su di essi viene riapplicata una seconda volta questa conversione nel codice di joomla, convertendo anche tutte le & dell'equivalente html dei caratteri speciali e dando origine al problema descritto sopra.
Per quanto riguarda il modulo latestnews, ho modificato il file modules\mod_latestnews\helper.php in questo modo:
In:
$lists[$i]->text = htmlspecialchars( $row->title );
Ho eliminato htmlspecialchars:
$lists[$i]->text = $row->title;
Per quanto i <title> degli articoli sono andato a modificare la function del file components\com_content\views\article\view.html.php.
Nell'originale c'è:
$document->setTitle($title);
che ho modificato in:
$document->setTitle(html_entity_decode($title,ENT_QUOTES,'UTF-8'));
Accetto volentieri eventuali critiche su questa soluzione o eventuali alternative.
Spero che quando scritto possa essere utile a chi eventualmente di trovi ad avere lo stesso mio problema.