No, allora ascolta se stai implementando dentro una struttura di Joomla ( componente, qualsiasi estensione, plugin, etc... ) devi usare la sua sintassi...
Altrimenti se richiami una pagina esterna usi la normale sintassi di MySQL.
la condizione 'where' si "passa" come in una normale query. Effettivamente, facendo parte della query ( che non viene toccata dalla rielaborazione del codice da parte di Joomla! ), non vi sono differenze...