Salve, i file li collochi in una cartella che decidi tu, modificabile dalle impostazioni di docman. Sono generalmente dentro la cartella radice del sito in dmdocuments se non erro. Inoltre se i file sono ristretti ad una categoria di utenti, inserendo il link non ti dà il permesso di vedere i file, credo pure anche se i file sono pubblici ma di questo non ne sono sicuro. Naturalmente non credo che sia un sistema a prova di bomba ma mi sto avvicinando adesso ai siti web, joomla e docman, quindi non sò darti consigli per aumentare la sicurezza. Al massimo se sono file privati potresti criptarli e comunicare la pass a chi dovrebbe utilizzarli.
Saluti
Biagio