Per fare, puoi anche farlo, anche se però, secondo me, non conviene.
Devi installare il primo joomla normalmente, che avrà ad es. questo indirizzo
www.joomla-01.it Poi in una nuova cartella installi joomlafap dando come coordinate per il database le stesse del primo joomla installato. Avrai un nuovo sito su
www.joomla-01.it/joomla-02. Dove joomla-02 sarà quello accessibile e avrà così gli stessi contenuti. Quindi per chi vuol vedere il primo sito digiterà solo la prima parte dell'indirizzo, chi deve visualizzare quello FAP dovrà aggiungere anche la seconda parte.
Ti ricordo però che JoomlaFap al suo interno ha già due template di visualizzazione. Uno dedicato agli ipovedenti e uno normale. Perciò rifletti bene sull'opportunità di creare un sistema di quel tipo che sicuramente ti richiederà molto tempo e fatica per aggiustare le varie installazioni, portando anche confusione tra gli utenti. E alla fine non è detto che tutto funzioni come t'aspetteresti. A te la scelta.