ciao..vediamo un poco.
Nel file configuration.php della versione 1.5.7 compaiono in chiaro user e password del database,ma compaiono pure i dati ftp .é sicuro nel limite del fatto che solo tu puoi vedere il file,a meno che non ti "rubino" proprio i dati di accesso ftp.
quello dei controlli pre-installazione non è un problema,nel senso che puoi cambiarli successivamente (dal back end,vedi una panoramica da aiuto->info sistema->impostazioni php) ma non so bene come,appena lo scopro sarai il primo a saperlo...
la domanda sulla username scelta,se non ho capito male,è che quella che scegli per il database è una user-pass per accedere a phpmyadmin,dove tieni i tuoi database e li gestisci ( è indipendente da joomla,nel senso che puoi avere necessità di un utente e pass per i database,ma diverse da quelle per la gestione di joomla..che ne so,magari poi il sito devi passarlo a tuo cugino,ma non vuoi fargli gestire i database..basta che a lui assegni nome e pass diversi dai tuoi per joomla,non occorre certo andar a cambiare le pass dei database..)
spero di essermi spiegato...