Che io sappia guide per joomla non credo esistano...Per il database puoi usare la funzione "cerca" del phpmyadmin, prova a fare qualche ricerca sui tag che possono iteressare la creazione di finestre popups.
Inoltre ti consiglio di scaricare un debugger per javascript, esiste un plugin per firefox fatto molto bene, te lo linko:
_http://www.hacksrus.com/~ginda/venkman/
Con il debugger sarai in grado di identificare lo script che genera la popup.
Se hai problemi fammi sapere. bye