no prob, forse ho dato per scontate troppe cose.
Allora, hai attivato il seo di joomla dalla configurazione, giusto? (Configurazione, schermata iniziale bottoni radio sulla destra)
Se hai attivato anche il mod_rewrite, ti deve essere apparso il messaggio di rinominare l'htaccess
L'htaccess, oltre che rinominarlo, è il caso di controllarlo.
Un conto è attivare solo il mod_rewrite (in questo caso basta rinominare l'htaccess), un altro conto è attivare anche il seo.
Edita l'htaccess e decommenta le righe che fanno riferimento al seo core di joomla.