Per quanto riguarda i meta degli articoli, anche li ti conviene andare avanti con sh404.
Per quanto riguarda la questione della "pulizia" delle url ... quando sei in configurazione e clicchi "salva" come prima cosa ti chiede se vuoi eliminare la cache delle url
E questa è cosa buona e giusta.
Altro discorso è quello della "rasatura" delle url create.
Se hai fatto delle modifiche che implichino la variazione della url sef, allora non hai altra scelta. Devi ripuire tutto e lasciare che tutto venga ricostruito.
Ovviamente questa procedura non puoi farla spesso. Se cambi spesso il modo per costruire le url (o, in ogni caso, dopo che le url stesse siano state indicizzate da google) corri il rischio di avere degli errori di qualsiasi tipo (o una penalizzazione da google).
Se fai delle variazioni che non comportano variazione della costruzione delle url, invece, piuttoasto che rasare le url, da un click su "torna al pannello di controllo" (mi pare sia la prima riga della videata. Tornerai al pannello di controllo dopo aver pulito la cache (perché a quella domanda avrai risposto si), ma mantenendo le tue url