Raga credo di aver capito.
Allora, all'interno del tag <head> c'era questo:
<jdoc:include type="head" />
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-2" />
<jdoc:include type="head" />
ho eliminato le prime due righe e adesso non ho più i metadata doppi, spero di aver fatto la cosa giusta, se qualcuno più esperto di Joomla mi potesse dare la conferma sarei più tranquillo.
Grazie
Marco