Sicuramente devi caricare via ftp tutte le cartelle che hai aggiunto,ma se qualcosa che hai installato ( è probabile che succeda,perchè bene o male il database tiene traccia di tutto,dagli articoli alle cose installate ) ha modificatoil database,devi ricaricare anche quello ( procedura di importa/esporta ).
Direi per essere sicuro di ricaricare il database, e magari solo le cartelle che sai di aver aggiunto/modificato.
