con le versioni successive di 1.0.x è cambiato il sistema di hash delle password. Qualche problema si può creare se utilizzi CB.
Anche in questo caso, però, se segui in modo puntuale le istruzioni di CB non dovresti avere problemi.
Inoltre è consigliabile fare gli aggiornamenti di joomla passo per passo (1.0.12->1.0.13->1.0.14.>1.0.15b).
Mi pare di rammentare che dovresti PRIMA aggiornare CB e poi joomla, ma segui le istruzioni di CB e non dovresti avere problemi.
Inoltre, controlla che non ci siano altri file sparsi per il sito. Potrebbe anche succedere che ci sia un file piazzato da qualche parte che "rigenera" quelle righe. In questo caso anche dopo l'aggiornamento non risolveresti il prolema.
Ancora una cosa ... cambia le password. Sia quella dell'ftp sia quelle di accesso al database sia quelle, ovviamente, di accesso come admin