Il codice analytics puoi decidere se inserirlo all'interno dei tag head o prima della chiusura del tag body. Puoi scegliere tu.
C'è una differenza tra i due casi:
1)inserirlo all' interno dei tag head.
Questo comporta un certo rallentamento nel caricamento della pagina, ma ti assicura il tracciamento in ogni caso.
2) inserirlo prima del tag body.
Il caricamento della pagina avviene più velocemente ma nel caso di utenti un po' frettolosi, magari il tracciamento non avviene poichè l'utente abbandona la pagina ancor prima che fosse inizializzato lo stesso.
Conclusione.
Come dicevo all' inizio puoi scegliere tu dove inserire il codice, tenendo presente i due comportamenti. Io personalmente lo inserisco prima del tag body.
Dopo questo preambolo teorico ti consiglio di evitare di usare moduli superflui per l'inserimento dello script. Lo puoi inserire manualmente tu nel codice html.
Se invece vuoi il solito blasonato contatore, visibile agli utenti (non so cosa possa servire agli utenti, quindi non ne capisco l'utilità) puoi utilizzare il contatore delle visite di Joomla stesso o come dici tu lo shinystat.
Se dovessi decidere di usare entrambi troverai delle sorprese, perchè i due non saranno mai d'accordo.
Io quoto Google Analytics, però è un mio parere personale.
