Oltre a cambiare l'immagine devi cambiare i valori qui nel file template.css (riga 956):
h1.logo a {
background:transparent url(../images/logo.png) no-repeat scroll 0 0;
display:block;
height:80px;
position:relative;
width:208px;
z-index:100;
}
Se lo aumenti anche in altezza devi anche adeguare il valore qui nel file template.css (riga 923):#ja-headerwrap {
background:#333333 none repeat scroll 0 0;
color:#CCCCCC;
height:80px;
line-height:normal;
}