Ci sono due modi per fare un backup:
1) a manina: si scaricano via ftp tutti i file e le cartelle in locale e, con phpmyadmin o simile, si esporta il database e lo si salva in locale;
2) con un componente come joomlapack: in questo caso File, cartelle e database vengono compattati in un unico zip. Vengono salvato dove ... tu hai detto di salvarli. In configurazione del componente, infatti, viene impostata la cartella di salvataggio.
Attenzione E' conveniente modificare il percorso predefinito e impostare la cartella di salvataggio al di fuori dello spazio web (se ne hai la possibilità) In buona sostanza, se il percorso assoluto verso il tuo spazio web fosse /home/miospazio.com/www, è conveniente creare una cartella in directory superiore rispetto a quella pubblica: /home/miospazio.com/backups e dare questo percorso per il salvataggio dei backup.
Dal pannello di controllo del componente, comunque, hai la possiblità di scaricare in locale i file di backup