Ciao,
sù con la vita
I dati (users, articoli etc etc) sono nel database e quindi non li perdi.
Perderesti però le personalizzazioni che hai apportato al tuo sito, i componenti che hai aggiunto dovranno essere riuploadati.
In ogni caso per prima cosa io proverei a rifare l'upload della cartella
administrator perchè capita molto spesso che i files risultino corrotti o addirittura non vengano spediti sul server.
Ultima cosa, fai prima il backup completo del sito e del database in modo da poter ripristinare in caso di pasticci.