Mi rendo conto del fatto che certi problemi sono snervanti, ma l'informatica e' una scenza precisa ed un motivo ci deve essere.
Per esempio, la settimana scorsa sono impazzito con un sito, ho anche litigato con l'amministratore di sistema perche' ogni installazione di modulo mi diceva "cannot create folder".
Ebbene, poi mi sono accorto che avevo rinominato la cartella, una modifica di un solo carattere, e non avevo cambiato il path della temp nel configuration.php.
Domanda stupida: prima di istallare il modulo, i SEF di Joomla funzionavano?
Hai verificato i settaggi di Apache per quel sito? (nomesito.conf in virtualservers, presenza di RewritEngine on). Praticamente i due file .inf dei due siti dovrebbero differire solo per il path...