Ciao Alord,
ipotizzo: probabilmente il tuo provider ha modificato i permessi di file e cartelle riassegnandoli come ownership a quella usata dall'FTP, o cosa peggiore, ad una con diritti di root (ma quest'ultima la escluderei..

). Joomla! invece utilizza l'utenza Apache (www-data) e di conseguenza non può effettuare modifiche all'interno di cartelle non di sua proprietà.
Soluzioni possibili:
- fai riassegnare tutti i file e cartelle del tuo sito all'utenza www-data
- fai implementare moduli Apache come suPHP o FasCGI.. e risolvi definitivamente
Su quest'ultimo punto fai una ricerca sul forum: se n'è parlato spesso.