per esserci c'è di sicuro e il tuo problema dell'index.php in mezzo all'url dipende da quello.
Quando vai nel pannello di controllo di sh404sef, accertati di cliccare su visualizza opzioni avanzate, a destra delle icone di gestione delle url, dove c'è il logo di sh404.
La gestione con o senza htaccess, la trovi, poi, nella cheda "avanzate" della configurazione