allora, provo a spiegarti il significato di quel messaggio:
al fine di evitare accesso diretto a file, in testa a ciascun file c'è una stringa del tipo "direct access to this file is not allowed ....."
Ciò serve a evitare che, richiamando quel file, si possa eseguirlo o, peggio, leggerlo.
I vari file possono essere soltanto richiamati da joomla stesso.
Ora, per apparirti quel messaggio, significa che il file che dovrebbe richiamare gli altri non c'è più o non li richiama in modo corretto, indi, è corrotto. Per intervento tuo, quasi sicuramente.
Per queste ragioni, io credo che joomla! sarebbe inaffidabile se consentisse l'accesso ai file in modo indiscriminato e non se non lo permette