scusami r-evolving, ma invece la risposta è "si" per la prima domanda e "forse" per la seconda.
Puoi mettere nella root un file configuration.php contenente solo
<?php
require( dirname( __FILE__ ) . '/../nomefileconfigurazione.php' );
In questo caso, il contenuto del file configuration.php si trova nel file "nomefileconfigurazione.php" che è allocato nella directory immediatamente superiore rispetto alla root del sito (i due punti all'inizio del percorso).
Altrimenti scrivi il percorso nel quale metti il file stesso.
Bada che nel codice che ti ho scritto, la chiusura del tag php non c'è. Non è una dimenticanza, ma serve ad evitare errori per caratteri o righe vuote al di fuori del tag stesso. In mancanza del tag, infatti, a chiusura del file viene "assunto" come esistente.
Per quanto riguarda i permessi del file in questione, è opportuno tenerlo a 440 o 400 (400 solo se utente utente joomla e utente proprietario del file coincidono)

EDIT: ho invertito l'ordine delle domande, ma le risposte sono comprensibili ugualmente
