ciao,
non esiste una guida che spiega tutto quello che vuoi tu, almeno io non la conosco. forse su joomla.org, prova a guardare da loro. quando avrai capito, potrai contribuire a migliorare il manualetto. io come altri abbiamo speso del tempo per cercare di dare un contributo, la pappa pronta è difficile nell'open-source.
tornando al tuo problema, quello che cerca di dirti franco è l'importanza della posizione in cui metti i moduli, perchè di questo si tratta. siccome sei agli inizi, prova a inserire solo un tag php e cerca di capire cosa succede se inserisci in quella posizione un modulo.
noi, definiti "esperti", non facciamo altro che spulciare gli altri template e per logica cerchiamo di capire come funziona il tutto, per poi riprodurlo in un nostro template. questo per dirti che non siamo esperti.
se hai fretta ci sono template già pronti nel calderone dei template.
ma, come spero di aver capito, hai voglia di imparare, quindi ti auguro buono studio.
ps
anche sul forum usando il cerca ci sono dei suggerimenti e contributi di tante persone.