ciao, probabilmente il template lo hai installato direttamente online, il che vuol dire che il titolare (quello che ha i diritti di scrittura sui file) non è l'utente che usi x l'ftp ma dovrebbe essere qualcosa tipo "www".
Per risolvere scarica e installa jexplorer, che ti permette di vedere i file/cartelle e tutto il resto direttamente da joomla, e ti permette di modificare quei file che hanno come titolare www.
se nn ti è chiaro qualcosa scrivi pure.
Ciau