Ciao Markus, non puoi abilitare/disabilitare componenti, moduli e plugin da FTP.
Per fare ciò devi agire direttamente sul database.
Cerca la tabella dei plugin, evidenzia il plugin di tuo interesse e setta il suo valore a 0 (zero) o 1 (uno) a secondo se lo vuoi disabilitare o abilitare.
Prima di effettuare modifiche al database ricordati di fare un bel backup dello stesso