Ciao,
il primo suggerimento che ti posso dare è che devi dimenticare tutto quello che hai imparato nella costruzione di un sito.
Le basi sono le stesse, ovviamente ma l'approccio è differente.
In generale l'ossatura del sito, l'output a schermo, è il risultato dei files del template (php e css) mentre il contenuto è preso dal database.
Per cambiare per esempio lo sfondo di un template devi agire sui css del template in uso.
Per spostare alcuni moduli al centro invece devi agire invece sulla "meccanica" del template, quindi sull'index.php del template stesso.
Non ti scoraggiare all'inizio, e visto che comunque sei pratico di web design in pochi giorni comincerai ad apprezzare l'eleganza e la logica di questo CMS.
In ogni caso questo sito è pieno di informazioni, per esempio il wiki:
http://wiki.joomla.it/index.php?title=Pagina_principaleo le varie sezioni del forum, come quella dedicata ai templates che ti sarà particolarmente utile:
http://forum.joomla.it/index.php/board,69.0.htmlFai delle ricerche mirate ai tuoi problemi e vedrai che è già stato tutto trattato precedentemente.
Se non lo fosse, chiama quando vuoi!