Mi ci sono giusto rotto la testa.
Devi settare la voce che ti permette di non visualizzare una o più categorie -HIDE CATEGORIES- (tramite il numero ID) nei parametri-componente della voce di menu.
In pratica, se fai due voci di menu "Phoca Gallery Category List Layout" metterai nelle relative caselle -HIDE CATEGORIES- i numeri delle rispettive categorie che non vuoi visualizzare.