una cosa la so: che il file mootools viene ogni volta compilato con le funzioni che servono. Tu probabilmente hai scaricato la versione che contiene tutte le funzioni, quindi anche quelle che servono a te, ma questo
non aiuta la velocità del sito. Viceversa potrebbe essere che nel file originario di joomla quelle funzioni che ti servivano non erano presenti. In più il file mootools può essere compresso.
spero che possa aiutare nella comprensione