Allora... ho svuotato la cache dal menu strumenti di Joomla (tutte e due), poi ho sfoltito i 404 in SH404SEF, l'ho attivato, lui mi fa svuotare la cache... poi vado sul lato pubblico e come al solito, in qualsiasi altra pagina esclusa la home, perdo il template!
Le configurazioni SEF standard di Joomla come ce le hai...attive o no? ed il file htaccess.txt è rinominato?
Grazie per la pazienza!