Acajoom, nelle sue impostazioni, ha un filtro che permette di scegliere quante mail "per gruppo" inviare.
Anche io lo uso per situazioni dove gli iscritti sono oltre 500, e faccio inviare le mail a gruppi di 65 e funziona perfettamente..... infatti il report che mi perviene via mail mi riepiloga l'invio completo.
Se cosi non è per voi, allora c'è qualcosa nelle impostazioni che avete toccato e che non è settato correttamente.
56francesco inoltre vi dice giustamente una cosa importante, chiedete al vostro provider se per caso avete altri filtri a livello di dominio dove viene limitato l'uso del PHP per l'invio di mail, per non incorrere nello spam.