Ciao eboldi, credo che tu stia facendo un po di confusione.
Con il software da te citato ( ti ricordo che in joomla.it non è possibile fare riferimenti commerciali) puoi scrivere da zero un applicazione, che esso sia html, asp, php, ecc ecc.
Joomla è un applicazione (CSM) "preconfezionata", modulare, personalizzabile.
Quello che vedi è in sostanza il modo in cui gli autori hanno pensato e scritto l'applicazione.
Per quanto riguarda categorie sezioni ecc ecc, è un modo di "organizzare" il contenuto del sito
Esempio:
Una categoria potrebbe essere BOLLETTE
una sezione di questa categoria TELEFONIA
un articolo di questa sezione FATTURA DEL 14/08
Quindi ogni cosa è al suo posto.
Ora il menu' mette daccordo tutte queste cosema devi ragionare anche un po al contrario
Potresti Crea un menu che punta alla fattura contenuta nella sezione della categoria
Ma anche uno che punta alla categoria.