ma non riesci ad entrare neanche nel pannello admin?? quello non può essere disattivato...è vero che la cancelazione della root non pregiudica il DB, ma se nel DB ci sono dump e tabelle che nella root ora non trova...non dovrebbe dare degli errori?
rispetto al tuo ultimo backup, ci sono componenti/plugin aggiunti al sito?
controlla il fil configuration.php, e guarda se tutti i parametri sono giusti, da quel file puoi rendere visibile il sito o disattivarlo nelle prime stringhe di codice se non sbaglio.