Ho parzialmente risolto.
Per poter accedere al pannello di amministrazione, sono andato nella cartella plugins/system, ho rinominato i file Jsecure, a questo punto potevo accedere al pannello di amministrazione e ho disattivato Jsecure, sono uscito e ho rinominato correttamente i due file ed è tornato tutto come prima.
Però rimane l'enigma del perchè non funziona!