Premessa: da prendere con le molle
Prova ad inserire nel tuo index.php del tuo template queste righe
<?php if (JRequest::getVar('option') == 'com_content' && JRequest::getVar('view') == 'frontpage' ): ?>
qua il tuo script
<?php endif; ?>
non assicuro però il funzionamento ... in quanto al momento non ho modo di testarlo.