Ciao Ciamparix,
una volta scaricato il pacchetto aggiornamento adeguato, lo devi trasferire nella posizione dove hai installato joomla, sovrascrivendo tutti i file richiesti.
(In effetti, vengono sostituiti solo i file che hanno subito modifiche)
Per quanto riguarda i tuoi moduli, componenti, template, essi non subiranno modifiche, quindi li troverai al loro posto.