Per quanto riguarda gli articoli, puoi inserire description, keywords e robots negli appositi campi tra i parametri avanzati dell'articolo.
Per sezioni, categorie e contenuti personalizzati temo che sia necessario utilizzare un tool SEO che integri la gestione "naturale" di Joomla che altrimenti va a prendersi la description da quella generale del sito.
Google in questo caso segnala meta description duplicata.