allora, installa joomla in locale, carica il template così com'è e vedi se ti da problemi di visualizzazione, dopo di che, se non riscontri problemi, inserisci nella cartella che hai in locale i files da te modificati e vedi se ti da il problema della visualizzazione (ovviamente se hai modificato più files ripeti il processo per singolo file, in modo da individuare il responsabile)...
comunque ad occhio, credo che il problema stia nella diversa "interpretazione" che i browser danno ai fogli di stile css...per esempio, nel mio sito IE non aggancia gli attributi assegnati ai forms tipo: inset, outset, ecc...e di conseguenza mi mette soltanto dei bordini di colori orribili, che invece in FF servono per dare l'effetto profondità o rilevanza...
