vedo che è passato parecchio tempo ma rispondo per chi , come Eärendil , si trovasse nella stessa situazione.
Per togliere la description standard "Joomla! - il sistema di gestione di contenuti e portali dinamici" , devi andare su configurazione / sito / metadata e togliere appunto quella descrizione.
Così la description rimane vuota nelle varie pagine e Google solitamente se ne fa una sua prendendola dal testo della pagina ( sempre meglio che avere la stessa in tutte le pagine e non attinente col tema del sito ).
Per avere meta description personalizzate devi installare qualche componente apposito.