devi creare due directory, una per sito
e installare joomla due volte. ovvero scarichi il pacchetto joomla nella prima cartella e fai installazione, poi scarichi pacchetto nell'altra cartella e fai la seconda installazione.
Una cosa che notavo. Quando metti le password del database, deve sempre essere la stessa, per essere chiaro dove si mettono:
localhost
root
password -> sempre la stessa in ogni installazione
database: my_sitoUNO
localhost
root
password -> sempre la stessa in ogni installazione
database: my_sitoDUE