Ferma tutto!!!
Che vuol dire ho sovrascritto il file index.html da quello dell'installazione?
I file html non hanno niente a che fare con joomla o meglio non sono funzionali per joomla.
Stai parlando di un file index.php ne sono sicuro ma è quello del template o quello presente nella root del sito??
Il fatto che ti dia errore e sovrascrivendolo l'errore scompare è un sintomo pericoloso.
Se i due file presentano differenze vuol dire che qualcosa ne ha modificato il codice e questo potrebbe essere grave.
Quindi facci capire di quale file stai parlando e cosa sia questo errore alla riga 89. Posta il messaggio di errore.
Hai cambiato tutte le password di accesso? (Backend, database, ftp)
Hai installato estensioni aggiornate e hai controllato che non fossero segnalate nei primi due post della
sezione sicurezza?