Un po' di considerazioni, poi fanne ciò che vuoi:
-un appz che gestisce dati interni di un'azienda non dovrebbe mai essere web-exposed
-usare un'appz così critica tramite un wrapper è abbastanza azzardato, rischi di compromettere pure Joomla.
-non capisco la necessità di integrare questa cosa con joomla, piuttosto avresti dovuto pensare ad un CRM e non a un CMS.
-Credo sia più giusto una separazione fisica delle due applicazioni, se poi ti serve usufruire di alcuni dati per mostrarli pubblicamente, per costruire report pubblici etc., nessuno ti vieta di costruire un modulo che acceda a quel database.
Comunque io non so cosa tu abbia già scritto, ma trasformarla in classi e costruire un componente amministrativo non ci vuole moltissimo, inoltre potresti sfruttare il login administrator per accedere, ma con permessi e interfaccia ridotta.
M.