ummh, sarebbe stato meglio tu specificassi che cosa stavi installando, ... provo con la palla di cristallo...
ad occhio cerchi di fare qualcosa con mootools o jquery.
se è così fai attenzione perchè Joomla include già mootools, lo vedi nell'index o negli header:
<script type="text/javascript" src="/media/system/js/mootools.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/media/system/js/caption.js"></script>
...magari causi qualche conflitto, prova a commentare le righe nell'index, mootools non dovrebbe servire dal lato pubblico.
Poi magari il problema è un'altro...
M.