Ciao.
Credo che tu abbia un po di confusione riguardo alla struttura di un sito in joomla.
Se per modifiche intendi l'inserimento di nuovi menù ed articoli per esempio allora questi vengono salvati nel database mysql per cui devi ricaricare il database e non file e cartelle di joomla.
Se invece le modifiche riguardano l'installazione di componenti, moduli, plugin allora devi ricaricare sul server sia le cartelle ed i files di joomla ed anche il database.
Non mi risulta che esista per joomla qualche tool che faccia quello che chiedi.