Quanto è avanzato lo stadio dei lavori?
Teoricamente sarebbe sufficiente aggiornare il file configuration.php praticamente ti consiglio di non cancellare la cartella finché non hai visto che funziona tutto.
secondo me sei fuori strada....
1. non c'entra l'avanzamento dei lavori... puoi spostare il sito quando e come vuoi.
2. non è sufficiente aggiornare il file configuration.php. Per assurdo, quel file lo potresti (quasi!!!) lasciare cosi com'è.
E' importante spostare i file, dalla sottocartella alla cartella principale (root).
(Poi sul file configuration.php occorre modificare i percorsi delle cartelle log e tmp)
Ciao