Ho capito meglio adesso il tuo problema.
Il fatto è che utenti, articoli, categorie e tutto il resto vengono salvati nel database per cui appena tocchi qualcosa là rischi di compromettere tutto.
Prendiamo l'esempio degli utenti: fare una installazione nuova e pulita e poi importare gli utenti da un altro database implica che lavori almeno su tre tabelle.
Non è un lavoro da poco fare quello che vuoi fare.
In ultima analisi dipende alla fin fine dai "pasticci" che hai fatto. La maggior parte dei pasticci ritengo che possano essere risolti dal pannello amministrativo di joomla senza intaccare il database. Se mi dai informazioni in più rispetto ai "pasticci" vediamo un po il da farsi.