Ciao ilenia,
prima di tutto proteggi il tuo sito, perche' altrimenti non farai mai in tempo.
Ci sono tantissimi articoli in proposito, per esempio
http://www.joomla.it/articoli-della-community/3925-la-sicurezza-in-joomla.html.
Tra l'altra io come misura di sicurezza ulteriore provvederei anche a definire un superadmin nuovo, cancellando il vecchio (perche' come noterai in joomla il superadmin ha sempre lo stesso numero di utente).
Inoltre ti consiglio di installare plugin utilissimi quali JSecure, che limitano l'accesso alla tua area di amministratore.
Comunque leggi anche
http://forum.joomla.it/index.php/topic,88792.0.html.
Insomma non ci sono grandissime cose da fare, ma quelle vanno fatte tutte e sempre.
Quando tutto è a posto, devi capire cosa è accaduto al tuo sito.
Non ho mai usato phoca gallery, ma da quello che dici non è che hai attivato chissà quali moduli complicati o strani...
Cosi' a colpo d'occhio e per mia esperienza personale, la gran parte degli attacchi avviene perche' si riesce ad entrare dal lato amministratore e quindi quella è la prima porta da chiudere.
Più di una volta ho fatto impazzire amici con questi giochini.
Per il resto è difficile capire quale possa essere la via di attacco ad un sito, percheè in realtà ce ne sono talmente tante, che è già difficile elencarle tutte.
Mi domando anche se poi il gioco valga la candela, nel senso che se il sito è stato attaccato piu' volte, allora molto probabilmente lo sarà anche in futuro.
L'anilisi che occorrerebbe è molto complessa e mi sembra più saggio adottare le norme di sicurezza del caso e poi stai a vedere: molto probabilmente gli attacchi cesseranno.
Solo in caso negativo andrei ad approfondire.
Ciao