Non ho molta esperienza di php su win, ma visto che non si fa vivo nessun altro ti dovrai accontentare

Dato che parli di iis6 immagino che tu stia parlando di w2k3, non è che usi xp come server di produzione, vero?
Detto così sembra più un problema di configurazione di iis che di php, sei sicuro di aver impostato correttamente l'host (hostname, doc root, starting point & exec permissions)?
Una curiosità, avrai i tuoi buoni motivi, ma perchè ogni sito è su una porta diversa?
ciao, marco