Secondo me stai facendo un casino della madonna per nulla.
Devi fare 4 cose efarle nell'ordine giusto.
Non devi tornare indietro o fare nessun pasticcio, e aspetta ad eliminare le index.html che sono quelle che proteggono la visibilità delle cartelle.
Devi, nell'ordine:
1) Scaricare, backuppando anche il db, tutto ciò che sta online.
Finito di scaricare metti una bella index.html con "lavori in corso".
Ranza via completamente tutto, sito e db.
2) prima di riuppare qualsiasi cosa contatta il tuo provider e fatti cambiare tutte le password.
3) quando hai le password uppa una nuova versione appena scaricata di joomla.
Ora dai un'occhiata a tutti i files del tuo template in locale, per essere sicuro che il codice stia li.
Dai un'occhiata anche alle cartelle contenenti immagini se ce n'è qualcuna strana o che non ti appartiene.
Riuppa i files.
4) spulciati un po' il db, soprattutto le tabelle content o che comunque hanno contenuti testuali per vedere che non ci sia del codice malevolo, dopodichè riuppa anche il db.
...dovresti essere a posto.
Se contatti il provider, fagli leggere l'articolo che ho postato proprio ieri in questa sezione, perchè mi sa che il problema è quello, e se è quello è inutile continuare a cambiare pw... è lui che deve risolverlo.
Maurizio
