mi sembra che hai esagerato un pò con il logo...

hai coperto svariate cose...pathway, ricerca, topmenu...
cmq selo vuoi allineare nell'angolo in allto a sx apri template.css alla riga 82 e correggi le voci "margin-left" e "margin-top" e dai ad entrambi 16px.
se metti uno sfondo trasparente al logo viene sicuramente meglio

ciao