Allora... ho provato a visitare il sito in questione, il lato pubblico sembra a posto e così pure il pannello per il login di administrator.
Quindi vuol dire che il problema sta nell'amministrazione, credo (purtroppo senza vedere nulla posso solo intuire).
Prova a fare questo, prendi una cartella administrator scaricandotela da un sito ufficiale joomla della stessa versione di quella online e sostituiscile.
..Mi sta venendo un dubbio.... ma prima di uppare hai cancellato tutto ciò che c'era online?
Cioè se online hai una cartella pippo che contiene qui quo qua e tu carichi una nuova cartella pippo con qui e quo aggiornati, questi due si sovrascrivono l'altro viene lasciato così com'era.
M.