Ciao lucio82,
dunque proviamo a ricapitolare brevemente, vedendo di ovviare problema per problema.
1) I file enormi, bene, premesso che è sufficiente modificare un'impostazione di PHP per consentire l'upload sovradimensionato (molti componenti download inoltre rendono facile questa operazione dal loro pannello di controllo), dobbiamo capire se desidere che l'upload sia fatto solo dall'amministratore. Se così fosse potresti utilizzare un client FTP (es. FileZilla) per l'upload.
2) Resume dell'upload in caso di interruzione, bene, se usi un client FTP questo problema è gestito dal tuo client, o comunque si verifica con meno probabilità in quanto la sessione web non scadrebbe come invece succede se carichi direttamente dal web.
3) Possibilità di caricare struttura ad albero sul server, sempre tramite ftp l'operazione è semplicissima e poi ti ritrovi a poter aggiungere i tuoi download semplicemente nel tuo componente download.
Ora questo discorso potrebbe essere più specifico se conoscessimo il tipo di file (o la dimensione degli stessi) che devi caricare. Inoltre mi lascia perplesso la struttura ad albero che intendi creare, tutti i componenti consentono di creare cartelle e sottocartelle.
Ti suggerisco RokDownloads, Remository (il più completo), PhocaDownload.