assolutamente no, basta che nella root principale, accanto alla cartella che contiene il sito metti un .htaccess che indirizza a quella cartella riscrivendo l'url
ovvero gli arriverà una richiesta a pippo.it e lui la trasformerà in una richiesta a pippo.it/cartella_sito/
Per il primo discorso potresti anche avere ragione, viene privilegiata la index.html ma non è comunque una bella cosa tenere tutto insieme.
Comunque se alla fine vuoi avere tutti i files nella directory principale puoi farlo comodamente cambiando le path all'interno di configuration.php
M.
EDIT: ...non avevo visto il post sopra... potevi andare in modifica invece che doppio..
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Cioè io adesso ho una pagina
http://www.adottauncane.net/oasi_alpignano.htmlse a quella fatta in Joomla do l'alias "oasi_alpignano" rimane uguale nelle indicizzazioni?
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assolutamente no poichè in joomla cambierà l'url e non sarà uguale prima del nome articolo, basta che guardi qualsiasi sito in joomla per rendertene conto, appoggiati a un pulsante e guarda come scrive l'url.